Forskare vid Karolinska Institutet har utvecklat en teknik för kostnadseffektiv övervakning av global spridning av nya sars-cov-2-varianter. Tekniken presenteras i den vetenskapliga tidskriften Nature Communications.

Sedan starten av pandemin har tusentals sekvenseringar av sars-cov-2-virusets hela arvsmassa genomförts för att pÄvisa virusets utveckling och globala spridning. Arvsmassan, genomet, behöver analyseras för att identifiera sÀrskilt smittsamma eller farliga virusvarianter och varianter som befintliga vacciner inte fungerar mot.

För att den globala övervakningen av sars-cov-2 ska fungera Àr det viktigt att kunna sekvensera och analysera mÄnga prover pÄ ett kostnadseffektivt sÀtt. DÀrför har forskare vid Bienko-Crosetto-laboratoriet vid Karolinska Institutet och Science for Life Laboratory (SciLifeLab) utvecklat en ny billig metod, COVseq, som kan anvÀndas för övervakning av virusets arvsmassa i massiv skala.

I ett första steg skapas mÀngder med kopior av virusets arvsmassa med hjÀlp av sÄ kallad multiplex PCR (polymeraskedjereaktion). Sedan mÀrks proverna och slÄs samman i ett sekvenseringsbibliotek med hjÀlp av en metod som tidigare har utvecklats i Bienko-Crosetto-laboratoriet och som nu anpassats för sars-cov-2-analys.

– Genom att utföra reaktioner i mycket smĂ„ volymer och slĂ„ samman hundratals prover i samma sekvenseringsbibliotek skulle vi kunna sekvensera tusentals virusgenom per vecka till en kostnad lĂ€gre Ă€n 15 dollar per prov, sĂ€ger Ning Zhang, tidigare postdok vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik, Karolinska Institutet, som Ă€r delad förstaförfattare tillsammans med doktoranderna Michele Simonetti och Luuk Harbers verksamma vid samma institution.

JÀmförande analyser av 29 sars-cov-2-positiva prover visade att COVseq har likande förmÄga som standardmetoden att hitta smÄ förÀndringar i arvsmassan. Analyser av ytterligare 245 prover visade att metoden Àven har hög förmÄga att upptÀcka sÀrskilt orovÀckande virusvarianter. Men den viktigaste fördelen med COVseq jÀmfört med befintliga metoder Àr dess kostnadseffektivitet.

– VĂ„r billiga metod skulle omedelbart kunna anvĂ€ndas för sars-cov-2-övervakning av folkhĂ€lsoinstitut och kan dessutom enkelt anpassas till andra RNA-virus, som influensa- och denguevirus, sĂ€ger Nicola Crosetto, forskare vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik, Karolinska Institutet, och studiens sisteförfattare.

Studien gjordes i samarbete med forskare vid sjukhuset ’Amedeo di Savoia’ och Candiolo Cancer Institute i Turin, Italien. Forskningsprojektet har fĂ„tt bidrag frĂ„n det nationella covid-19-forskningsprogrammet vid SciLifeLab, finansierat av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse, samt frĂ„n Stiftelsen för Strategisk Forskning och privata donationer frĂ„n Chiesi Pharma AB och Tetra Laval-gruppen. Forskarna uppger att det inte finns nĂ„gra intressekonflikter.

Publikation: “COVseq is a cost-effective workflow for mass-scale SARS-CoV-2 genomic surveillance”. Michele Simonetti, Ning Zhang, Luuk Harbers, Maria Grazia Milia, Silvia Brossa, Thi Thu Huong Nguyen, Francesco Cerutti, Enrico Berrino, Anna Sapino, Magda Bienko, Antonino Sottile, Valeria Ghisetti and Nicola Crosetto. Nature Communications, online 23 juni 2021, doi: 10.1038/s41467-021-24078-9.

För mer information, kontakta:
Nicola Crosetto, forskare
Bienko-Crosetto-laboratoriet
Science for Life Laboratory
Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik, Karolinska Institutet
E-post: nicola.crosetto@ki.se
Tel: 073 986 53 79

Kontakta KI:s presstjÀnst och hÀmta bilder

Karolinska Institutet Àr ett av vÀrldens ledande medicinska universitet med visionen att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bÀttre hÀlsa för alla. I Sverige stÄr Karolinska Institutet för den enskilt största andelen medicinsk akademisk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar. Varje Är utser Nobelförsamlingen vid Karolinska Institutet mottagare av Nobelpriset i fysiologi eller medicin.

Presskontakt:

pressinfo@ki.se

Telefon:

08-524 860 77

Mobil:

fast telefon kopplas om